Atomin koko tunnettiin, 0.1 nm, mutta ei tiedetty, miten massa javaraus olivat atomiin sijoittuneet. Thomson ehdotti mallia, jossaatomi oli positiivisesti varautuneesta aineesta muodostunutläpiaineinen pallo, jonka sisällä elektronit olivat(rusinavanukasmalli).
Ydin
Vuonna 1911 Ernst Rutherford, Hans Geiger ja Ernest Marsdenpommittivat heliumytimillä eli α-hiukkasilla ohuita kultakalvoja jamittasivat heliumin siroamista eri kulmiin. Jos aine olisijakaantunut atomeihin tasaisesti, heliumydinten olisi pitänytmuuttaa vain hieman suuntaansa kalvossa.
Osa α-hiukkasista sirosi yllättäen lähestulosuuntaansa. Rutherford päätteli,että atomin massa ei ole jakautunut0.1 nm:n kokoiselle vaan paljonpienemmälle alueelle. Vain silloinatomin sisällä voisi olla niin suurensähkökentän alue, että se pystyisikääntämään α-hiukkasen takaisintulosuuntaansa.